L’histoire prend place en 2015, à l’heure où la magie tient encore une grande place au coeur de la société. Afin de sauvegarder l’humanité, l’organisation Caldea observe attentivement les mouvements magiques, scientifiques ainsi que l’avenir du monde. Mais un jour, le futur semble soudain disparaître après l’année 2017. Afin d’en découvrir les causes, l’organisation décide d’envoyer en mission symbolique dans le passé des enquêteurs, les « Grand Order ».