Après des années passées à combattre Black Ghost, tous les Cyborgs 00 ont repris le cours de leur vie en retournant dans leur pays d’origine pour poursuivre la carrière dont ils rêvaient. Le Dr Gilmore et 001 ont continué à vivre au laboratoire durant ces années de paix, tandis que l’assistant du Dr Gilmore, le Dr Cosmo, s’efforce de prouver l’existence d’une source d’énergie suprême dans l’espace, qu’il a baptisée « le Vortex » et qu’il cherche à contrôler. Mais le Dr Gilmore, lui, aspire simplement à une retraite paisible. Lorsque cette force commence à représenter une menace, il n’a d’autre choix que de rappeler les Cyborgs 00 afin qu’ils reprennent le combat.